Sesuai dengan Keputusan Menteri Kehutanan Nomor : 6187/Kpts-II/ 2002, tanggal 10 Juni 2002, tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Konservasi Sumber Daya Alam, maka struktur organisasi BKSDA Bali adalah sebagaimana bagan di bawah ini.
BKSDA Bali adalah Unit Pelaksana Teknis (UPT) Dierktorat Jenderal Perlindungan Hutan dan Konservasi Alam (PHKA), Departemen Kehutanan, dengan level eselon III A.
BKSDA Bali dipimpin oleh seorang Kepala Balai (eselon III A), dibantu oleh seorang Kepala Sub Bagian Tata Usaha (eselon IV A), dan dua orang Kepala Seksi Konservasi Wilayah I dan Kepala Seksi Konservasi Wilayah II (eselon IV A). Kantor BKSDA Bali beralamat di Jl. Suwung Batan Kendal No. 37, Denpasar, Telp. 62 0361 720063. Fax. 62 0361 710129. Web Site : www.bksda-bali.go.id. E-mail : info@localhost.
Seksi Konservasi Wilayah I, yang berkedudukan di Denpasar mewilayahi lima Kabupaten/Kota yaitu Kabupaten Badung/Kota Denpasar, Tabanan, Jembrana, Buleleng, beserta tiga lokasi kawasan konservasi yaitu CA Batukahu, TWA Danau Buyan – Tamblingan, dan TWA Sangeh.
Sedangkan Seksi Konservasi Wilayah II, yang berkedudukan di Bangli mewilayahi empat Kabupaten, yaitu Kabupaten Gianyar, Bangli, Klungkung, dan Karangasem, beserta satu lokasi kawasan konservasi yaitu TWA Penelokan.
Pada masing-masing Kabupaten dan kawasan konservasi, terdapat perwakilan BKSDA yang disebut Resort KSDA dan dipimpin oleh seorang Kepala Resort KSDA.
Untuk wilayah Seksi Konservasi Wilayah I penyebaran dan kedudukan masing-masing Resort adalah sebagai berikut :
Sedangkan untuk wilayah Seksi Konservasi Wilayah II penyebaran dan kedudukan masing-masing Resort adalah sebagai berikut :
Disamping pejabat struktural dan non struktural (fungsional umum), di kantor Balai terdapat Kelompok Pejabat Fungsional yang terdiri dari Polisi Kehutanan (Polhut), Pengendali Ekosistem Hutan (PEH), dan Penyuluh Kehutanan.